Преподобный Нил Столобенский родился в конце XV века в Новгородской области Деревской Пятины Жабенского погоста. Какое имя носил он в миру — неизвестно. О родителях преподобного известно только то, что они были крестьянами и людьми благочестивыми. Оставив родительский дом, преподобный удалился в Псковскую область в Крыпецкий монастырь, где и принял постриг с именем Нил в честь преподобного Нила Постника.
На месте подвигов преподобного Нила Столобенского в 1594 г., иеромонахом Германом основан был Богоявленский Нило-Столобенский монастырь, известный как Нилова пустынь. Обретение мощей преподобного Нила совершилось в 1667 г. 27 мая (9 июня). В этот день было установлено ежегодное празднование. Ныне святые мощи преподобного Нила Столобенского почивают в Богоявленском соборе монастыря.